Berdasarkan alat gerak yang dimilikinya protozoa dibedakan menjadi 4 kelompok, diantaranya (Suharto. 2004):
- Rhizopoda. Bergerak dengan kaki semu (pseudopodia) yang merupakan penjuluran protoplasma sel.
- Flagellata (Mastigophora). Bergerak dengan flagel (bulu cambuk) yang digunakan juga sebagai alat indera dan alat bantu untuk menangkap makanan.
- Ciliata (Ciliophora). Anggota Ciliata ditandai dengan adanya silia (bulu getar) pada suatu fase hidupnya, yang digunakan sebagai alat gerak dan mencari makanan.
- Apicomplexa (Sporozoa). Tidak memiliki alat gerak khusus, menghasilkan spora (sporozoid) sebagai cara perkembang biakannya.
